Vào đầu những năm 1970, ước tính 200.000 nạn nhân của nhà sử học người Nhật Hora lần đầu tiên bị thách thức bởi nhà báo Suzuki Akira, người cho rằng "vài chục nghìn" đã bị giết.[56] Ngay sau đó, một số người tuyên bố rằng không có vụ thảm sát nào diễn ra cả.[56] Các nghiên cứu về thảm sát Nam Kinh ở Nhật Bản cuối cùng được chia thành ba nhóm dựa trên ước tính số người chết: trường phái "ảo tưởng" của những người phủ nhận thảm sát Nam Kinh, trường phái "thảm sát lớn" tin rằng hàng trăm nghìn người đã bị giết, và trường phái trung gian đưa số lượng lên đến hàng chục nghìn.[21]

Tuy nhiên, khi tạp chí Shokun! khảo sát các thành viên của từng "trường phái", nhiều người được gọi là "trung gian" ủng hộ số liệu rất thấp, bao gồm giáo sư Đại học Dokkyo Nakamura Akira, nhà báo Sakurai Yoshiko, và nhà nghiên cứu Tanabe Toshio, người cho rằng khoảng 10.000 người bị thảm sát, và nhà sử học quân sự Hara Takeshi, người ước tính 20.000 người.[2] Khi xem xét cuộc khảo sát này, Askew kết luận rằng tất cả những người "trung tâm" đều là những người phủ nhận ngoại trừ Hara.[21] Ngược lại, Bob Wakabayashi đưa ra con số cao hơn và tin rằng ước tính 40.000 nạn nhân do Hata Ikuhiko đưa ra là con số hợp lý thấp nhất về tổng số người chết và coi những con số bé hơn là nỗ lực giảm thiểu tội ác.[1] Ngày nay, hầu hết các nhà sử học Nhật Bản theo trường phái được gọi là "thảm sát lớn" đã giảm phần nào ước tính số người chết và ủng hộ con số 100.000+ trái ngược với sự đồng thuận cũ là 200.000.[21] Các nhà sử học Tohmatsu Haruo và HP Willmott cho rằng các học giả Nhật Bản thường coi ước tính khoảng 40.000 nạn nhân thảm sát là "ước tính đáng tin cậy nhất về mặt học thuật".[57]